光纤光谱仪以其检测精度高、速度快等优点，已成为光谱测量学中使用的重要测量仪器，被广泛应用于农业、生物、化学、地质、食品安全、色度计算、环境检测、医药卫生、LED检测、半导体工业、石油化工等领域。
在这些领域，光纤光谱仪的运用非常频繁：
1、LED测量
简单而且迅速地测量LED的整个光通量的方法就是使用一个积分球，并把它连接到一个美国海洋光学公司的光谱仪上。该系统可以用卤素灯进行定标（LS-1-CAL-INT），然后用广州标旗软件从测量到的光谱分布计算出相关参数，并实现辐射量的测量。所测光源的光谱发光强度还可以用μW/cm2/nm来计算、显示并存储。另外的窗口还可以显示大约10个参数：辐射量μW/cm2, μJ/cm2, μW或μJ；光通量lux或lumen，色轴X, Y, Z, x, y, z, u, v和色温。
2、发射光谱测量
发射光谱测量可以用不同的实验布局和波长范围来实现，还要用到余弦校正器或积分球。发射光谱测量可以在紫外/可见和可见/近红外波长范围内测量。
对于发射光谱的测量，光谱仪可以配置成波长范围从200-400nm或350-1100nm，或组合起来实现紫外/可见200-1100nm，并可以在海洋光学公司的定标实验室里进行辐射定标。定标后的实验布局不能改变，如光纤和匀光器都不能更改。
3、薄膜厚度测量
光学的膜厚测量系统基于白光干涉测量原理，可以测量的膜层厚度10nm-50μm，分辨率为1nm。薄膜测量在半导体晶片生长过程中经常被用到，因为等离子体刻蚀和淀积过程需要监控；其它应用如在金属和玻璃材料基底上镀透明光学膜层也需要测量膜层厚度。
